Tvær virkjunarhugmyndir liggja fyrir í Jökulsá á Fjöllum, þ.e. Arnardalsvirkjun og Helmingsvirkjun.
Jökulsá á Fjöllum er lengsta og vatnsmesta áin sem fellur úr norðanverðum Vatnajökli og þarna eru margar virkar eldstöðvar. Svæðið er talið eitt það mest framandi og sérkennilegasta á hálendi Íslands og áin rennur meðal annars um Vatnajökulsþjóðgarð, Jökulsárgljúfur og Öskju, Herðubreiðarfriðland, Hvannalindir, votlendi við Öxarfjörð, við Kverkfjöll og nálægt Ódáðahrauni.
Náttúrufegurð er talin mikil á svæðinu. Árgljúfrið er stöllótt, efsti og víðasti farvegurinn er grafinn af stærsta hamfarahlaupinu en sjálf rennur áin í þrengsta og dýpsta gljúfrinu. Hlaupin surfu og plokkuðu allt sem fyrir varð, meðal annars gígaröð í farveginum þar sem nú standa Hljóðaklettar, furðulegar myndir ljóna, trölla og kastala.
Vatnasvið Jökulsár á Fjöllum er enn næstum óraskað. Áin rennur með árstíðabundnum sveiflum í náttúrulegum farvegi og skilar framburði til sjávar. Aðeins allra neðst, á söndunum í Kelduhverfi, hafa verið reistar fyrirhleðslur til að draga úr landbroti. Tvær af hverjum þremur stórám jarðar hafa nú verið stíflaðar og rennsli þeirra miðlað. Í Evrópu (utan Íslands) eru aðeins eftir alveg óraskaðar þrjár stórar ár. Ísland er nánast eina landið í Evrópu þar sem enn eru heilleg stór eða sæmilega stór vatnakerfi.
Einar Benediktsson reyndi á sínum tíma að selja erlendum auðjöfrum Dettifoss en taldi fossinn reyndar miklu hærri en hann raunverulega er. Síðan hafa verið uppi nokkrar hugmyndir um virkjun Jökulsár og eiga flestar það sameiginlegt að veita ánni austur á land, nú síðast hugmyndir um Arnardalsvirkjun og Helmingsvirkjun, en þær falla í verndarflokk samkvæmt rammaáætlun.
